蔡元培的上一次辞职就发生在不久之前。在去年十月份，北大部分学生因为对讲义收费不满而闹事，引发了所谓的“讲义风潮”，蔡元培愤而辞职。最终，这次风潮在胡适之的调停下才得以平息。
而这一次，蔡校长的辞职则是因为新任教育总长彭允彝干涉司法独立，非法要求逮捕北大兼课教师、同时也是时任财政总长的罗文干。蔡元培再次愤而辞职，并公开在《北京大学日刊》上面发表了辞职声明。同时，他还写了一篇题为《关于不合作宣言》的文章，发表在沪上的《申报》上，表明了自己的立场和态度。
与上一次辞职只是做做样子不同，这一次蔡元培的辞职显得十分决绝。
他辞职之后就直接离开了北京，后来更是转赴欧洲进行考察，直到两年半以后才回国。这也为他后来的第七次辞职埋下了伏笔。
其实“罗文干案”在去年十一月份就已经发生了。时任财政总长的罗文干被指控在签订“奥国借款展期合同”时收受巨额贿赂，使国家遭受了大量损失。
于是，一国财政总长就被推上了法庭，这起案件在社会上引起了极大的轰动，堪称民国时期级别最高且最具影响力的刑事案件之一。
然而，事实上，整个案件完全就是一场“莫须有”的冤案。
案件本身的案情并不复杂，但背后却隐藏着直系军阀内部以曹锟和黎元洪为首的“津宝派”和以吴佩孚为首的“洛派”之间激烈的权力斗争。
大总统黎元洪和曹锟为了逼迫吴佩孚支持的内阁总理王宠惠下台辞职，才指使手下炮制了这个案件。案件背后闪现着总统、总理、国会以及各派军阀的身影，他们各自为了自己的利益而相互争斗，完全视司法为儿戏。
本来在去年12月份，“津宝派”在成功迫使内阁总理辞职，达成了目的以后，法院就已经宣告证据不足，对罗文干免予起诉了，事件也就算是告一段落了。
但是新上任的“津保派”阁员、教育总长彭允彝为了迎合背后的大佬，在内阁会议中提出将罗文干再交法庭审讯。而同样是“津保派”的司法总长程克也准备痛打落水狗，将此案办成“铁案”。
于是，事件越闹越大，一时激起了广泛的学潮、法潮与政潮，整个国家的司法体系都被牵扯在内。
虽然最后经过大半年的审判，罗文干仍然被宣布无罪释放。但是，在“罗文干案”之后，民国以来政治家们所坚持的“司法独立”的精神却被彻底打破了。
梁卓如就在报纸上面发文哀叹道：“司法破产”已经到了这一步，国会已经名存实亡了。
蔡元培在事后也深感痛惜地表示：国人十几年来最希望实现的司法独立，竟然被行政中枢以权威干涉而推翻了；罗案所产生的悲观情绪不仅仅局限于罗案本身的问题，更实际地影响到了法律的生命力。
时间回到1923年1月17日，李斯年是在这个学期的最后一节《明史》课结束之后，回到自己的办公室，听了学长胡适之的讲述，才知道蔡校长因为“罗文干案”愤而辞职这件事的。
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